Unsupervised evolution of protein and antibody complexes with a structure-informed language model.
蛋白質和抗體複合物的無監督進化與結構資訊語言模型。 Science 2024-07-04

透過序列數據訓練的語言模型可學習蛋白質設計原則，但蛋白功能受結構影響。結合語言模型與結構資訊，可引導蛋白演化，改良抗SARS-CoV-2抗體，增強對病毒變異的中和能力。整合結構數據有助於找出有效蛋白演化路徑，無需特定訓練。 PubMed DOI

De novo generation of SARS-CoV-2 antibody CDRH3 with a pre-trained generative large language model.
利用預訓練的生成大型語言模型進行 SARS-CoV-2 抗體 CDRH3 的去新生產。 Nat Commun 2024-08-10

提議的PALM-H3模型旨在簡化抗體設計，專注於生成針對特定抗原的人工抗體，特別是重鏈互補決定區域3（CDRH3），減少了從血清中分離天然抗體的需求，節省資源和時間。此外，A2binder模型可預測抗原與抗體的結合特異性。PALM-H3生成的抗體對SARS-CoV-2抗原，包括XBB變異株，顯示出高結合親和力和強中和能力。透過Roformer架構的注意力機制，增強了模型的可解釋性，為抗體設計提供了重要見解，代表抗體工程的一大進展。 PubMed DOI

Improving functional protein generation via foundation model-derived latent space likelihood optimization.
透過基礎模型衍生的潛在空間似然優化來改善功能性蛋白質生成。 bioRxiv 2025-01-20

深度生成模型越來越常用於從零開始設計功能性蛋白質。雖然3D蛋白質設計是一種方法，但基於序列的生成方法因為擁有大量的蛋白質序列數據和較簡單的訓練需求而更受歡迎。這些模型專注於匹配訓練數據中的蛋白質序列，但不必每個氨基酸都完全一致，因為某些變異不影響功能。我們提出了一種新訓練方法，優化氨基酸序列和潛在空間中的訓練數據可能性，並在生成抗微生物肽和蘋果酸脫氫酶上測試，結果超越了多種其他深度生成模型，顯示出我們的方法在功能性蛋白質生成上的有效性。 PubMed DOI

Generation of antigen-specific paired chain antibody sequences using large language models.
利用大型語言模型生成抗原特異性配對鏈抗體序列。 bioRxiv 2025-03-03

傳統抗體發現方法效率低、成本高且成功率不佳。為了解決這些問題，最近引入了人工智慧（AI）技術來增強和創造新的抗體序列。本研究介紹了MAGE（單克隆抗體生成器），這是一種專門設計的蛋白質語言模型，能生成針對不同目標的人類抗體序列。MAGE已成功產生新穎且多樣的抗體，並在實驗中證實其對SARS-CoV-2、禽流感H5N1和RSV-A的結合特異性，成為針對多目標抗體設計的先驅工具。 PubMed DOI

Leveraging large language models to predict antibody biological activity against influenza A hemagglutinin.
運用大型語言模型預測抗體對流感A型血凝素的生物活性 Comput Struct Biotechnol J 2025-04-15

這篇研究用MAMMAL AI模型，僅靠序列資料就能準確預測抗體和流感HA抗原的結合及阻斷效果。模型對已知抗體和抗原表現優異（AUROC ≥ 0.91），對新抗原也不錯（AUROC 0.9），但遇到全新抗體時準確度會下降。這顯示AI有助於抗體篩選，但還需要更多元的抗體資料來提升預測新抗體的能力。 PubMed DOI

An expandable synthetic library of human paired antibody sequences.
可擴展的人類成對抗體序列合成庫 PLoS Comput Biol 2025-04-21

目前人類抗體序列的多樣性了解有限，因為現有檢測方法又貴又沒效率。作者開發了IgHuAb大型語言模型，能產生大量成對人類抗體序列，並建立了SynAbLib合成抗體庫，不只反映自然多樣性，還有更高變化。實驗證明，SynAbLib的抗體表現很好。這些工具提供一種可擴展的方法，能快速產生和搜尋理想人類抗體。 PubMed DOI

Detection of patient metadata in published articles for genomic epidemiology using machine learning and large language models.
利用機器學習與大型語言模型於基因體流行病學中偵測已發表論文的病患元資料 medRxiv 2025-05-09

這項研究用NLP技術自動抓取SARS-CoV-2相關論文中的病患元資料。團隊用BERT模型訓練分類器，並比較生成式AI（Llama-3-70B）的表現。結果顯示，針對生醫或COVID-19文本預訓練的BERT模型效果最好，F1-score達0.776，明顯優於生成式AI（F1-score僅0.558）。這方法已應用於35萬多篇文章，有助於基因流行病學研究。 PubMed DOI

Hidden challenges in evaluating spillover risk of zoonotic viruses using machine learning models.
使用機器學習模型評估人畜共通病毒溢出風險的隱藏挑戰 Commun Med (Lond) 2025-05-20

研究團隊開發了BERT-infect模型，專門用來預測哪些病毒可能感染人類，準確度比以往高，特別對過去較少研究的病毒也有好表現。即使病毒基因序列不完整，模型也能運作。不過，目前還難以精確辨識像SARS-CoV-2這類特定病毒的風險，顯示機器學習在預測新興人畜共通傳染病上，還有不少挑戰要解決。 PubMed DOI

Designing diverse and high-performance proteins with a large language model in the loop.
結合大型語言模型設計多樣且高效能的蛋白質 PLoS Comput Biol 2025-06-05

作者提出一套新方法，結合半監督神經網路（Seq2Fitness）和創新最佳化演算法（BADASS），能更準確預測蛋白質適應度，並有效率產生多樣且高適應度的蛋白質序列。這方法比現有技術更省資源、效果更好，未來也有機會應用在 DNA、RNA 等其他生物序列上。 PubMed DOI

Advancing real-time infectious disease forecasting using large language models.
利用大型語言模型推進即時傳染病預測 Nat Comput Sci 2025-06-06

PandemicLLM 是新一代疫情預測框架，把疾病傳播預測當成文字推理問題來解決。它結合即時多元資料（如防疫政策、基因監測、時序數據），透過 AI 與人類協作提示提升預測準確度。實測美國各州 COVID-19 資料，表現優於現有模型，能整合複雜非數值資訊，讓疫情預測更精準。 PubMed DOI

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