Evaluation of large language models for discovery of gene set function.
評估大型語言模型在基因集功能發現中的應用。 Res Sq 2024-02-10

本研究使用OpenAI的GPT-4大型語言模型，評估其在功能基因組學中的應用價值。結果顯示，GPT-4能夠生成具有生物醫學知識的基因功能假設，並提供比傳統方法更豐富的資訊。這顯示大型語言模型在功能基因組學研究中具有潛力成為有用的工具。 PubMed DOI

BioNexusSentinel: a visual tool for bioregulatory network and cytohistological RNA-seq genetic expression profiling within the context of multicellular simulation research using ChatGPT-augmented software engineering.
BioNexusSentinel：一個在多細胞模擬研究背景下，用於生物調控網絡和細胞組織RNA-seq基因表達分析的視覺工具，並使用ChatGPT增強的軟體工程。 Bioinform Adv 2024-04-05

BioNexusSentinel是一個用於RNA-seq和生物調控網絡探索的軟體平台，整合了視覺工具和Reactome生物模型。它包括基因表達分析器和細胞組織RNA-seq探索器，提高研究生產力，並在網絡建模和生物狀態分析中有應用。該項目在GitHub上可找到。 PubMed DOI

GeneAgent: Self-verification Language Agent for Gene Set Knowledge Discovery using Domain Databases.
GeneAgent: 利用領域資料庫進行基因集知識發現的自我驗證語言代理。 ArXiv 2024-06-21

GeneAgent是一個特別厲害的語言代理程式，可以自己跟生物資料庫互動，讓基因組知識發現更精準又少錯誤。它比一般模型更優秀，幻覺也減少到最低，提供可信賴的分析報告。經過在1,106個基因組上的測試，證實GeneAgent在揭示基因功能方面非常有效，加速了知識的探索。 PubMed DOI

GENEVIC: GENetic data exploration and visualization via intelli- gent interactive console.
GENEVIC: 透過智能互動控制台進行基因數據探索與可視化。 Bioinformatics 2024-08-08

GENEVIC是一個由人工智慧驅動的聊天框架，旨在簡化基因數據的分析與知識發現。它能自動檢索、分析和可視化基因資訊，協助生物學家。主要功能包括生成蛋白質互作網絡、豐富基因集，並從PubMed和Google Scholar搜尋文獻。試點階段專注於阿茲海默症、精神分裂症及認知相關基因變異，幫助研究人員優先考慮重要變異。這個平台使用簡單，無需專業訓練，並在安全的HIPAA合規環境中運行，且代碼開源，促進基因研究的合作與發展。 PubMed DOI

Toden-E: Topology-Based and Density-Based Ensembled Clustering for the Development of Super-PAG in Functional Genomics using PAG Network and LLM.
Toden-E：基於拓撲和密度的集成聚類在功能基因組學中利用PAG網絡和LLM開發Super-PAG。 bioRxiv 2024-11-01

這項研究針對生物醫學領域的基因集、網絡和途徑分析，提出了一種新方法todenE（基於拓撲和密度的集成聚類）。此方法解決了途徑和基因列表中的冗餘問題，並透過元數據豐富PAGs以更好地反映生物功能。研究人員建立了PAG-PAG網絡，並利用大型語言模型來捕捉功能信息。引入的差異指數（DI）用於評估基因鄰居的連通性，並比較不同聚類算法的效果，最終形成Super-PAGs，顯示出更佳的語義相關性和基因包容性。 PubMed DOI

Harmonizome 3.0: integrated knowledge about genes and proteins from diverse multi-omics resources.
Harmonizome 3.0：來自多種多組學資源的基因和蛋白質整合知識。 Nucleic Acids Res 2024-11-20

Harmonizome 3.0 是 Harmonizome 資料庫的升級版，整理了各種 omics 數據，突顯基因與其屬性之間的關聯。新版本新增 26 個數據集，總共近 1200 萬個基因-屬性關聯，並具備數據集交叉能力，能識別共享的基因模組。大型語言模型提供推測性見解，並改善了數據格式與可視化選項，使用者可下載知識圖譜並使用 UMAP 圖進行視覺化。透過互動介面，使用者能探索基因-屬性關聯，網址為 https://maayanlab.cloud/Harmonizome/。 PubMed DOI

CZ CELLxGENE Discover: a single-cell data platform for scalable exploration, analysis and modeling of aggregated data.
CZ CELLxGENE Discover：一個可擴展的單細胞數據平台，用於聚合數據的探索、分析和建模。 Nucleic Acids Res 2024-11-28

CZ CELLxGENE Discover 是一個線上平台，專門用來探索和分析單細胞轉錄組數據。它擁有超過9300萬個獨特細胞，是目前最大的整理數據集，提供標準化數據和一致的元數據。這個平台旨在提升研究人員的可及性，讓他們能夠進行個別數據集的探索和跨資料庫的分析。透過機器學習和大型語言模型的進展，CZ CELLxGENE Discover 提供了有關健康與疾病的深入見解，特別是在單細胞層面上，並解決了龐大數據集的挑戰。 PubMed DOI

BioMedGraphica: An All-in-One Platform for Biomedical Prior Knowledge and Omic Signaling Graph Generation.
BioMedGraphica：一個整合生物醫學先前知識與Omic信號圖生成的全方位平台。 bioRxiv 2024-12-23

人工智慧（AI）正透過分析大型數據集來改變科學發現，尤其是在精準健康與醫學領域。不過，生物醫學數據常常零散且不一致，整合上有挑戰。為了解決這個問題，我們開發了**BioMedGraphica**，這是一個綜合平台，擁有超過300萬個實體和5600萬個關係的統一文本屬性知識圖譜，數據來自43個生物醫學數據庫。這個平台讓研究人員能進行知識發現，並以友好的介面提供與藥物、疾病等相關的豐富信息，還能創建多組學信號圖，助力新型AI模型的開發。 PubMed DOI

Pipeline to explore information on genome editing using large language models and genome editing meta-database.
利用大型語言模型和基因編輯元數據庫探索基因編輯資訊的管道。 Database (Oxford) 2025-03-08

基因編輯（GE）是生命科學中的重要工具，但因物種、基因序列及工具不同，編輯某些基因會遇到挑戰。為了提升基因編輯研究的設計，確認文獻中基因編輯的實踐至關重要。基因編輯元數據庫（GEM）提供了有用的資訊，但對特定基因的參與細節仍不足。本研究開發了一種系統性方法，利用大型語言模型從GEM及相關文獻中提取關鍵資訊，讓基因編輯數據的調查更全面。我們還提出將這些資訊轉換為指標，以優先考慮未來的研究基因。最終的基因編輯資訊和評分系統旨在簡化目標基因的選擇，改善研究設計。欲了解更多，請訪問以下網址：https://github.com/szktkyk/extract_geinfo 和 https://github.com/szktkyk/visualize_geinfo。 PubMed DOI

Literature-scaled immunological gene set annotation using AI-powered immune cell knowledge graph (ICKG).
利用 AI 驅動的免疫細胞知識圖譜 (ICKG) 進行文獻規模的免疫學基因集註釋。 bioRxiv 2025-03-10

單細胞和空間組學的應用在模型和病人樣本中，已經幫助識別許多新基因集，特別是在免疫療法方面。不過，這些基因集的生物學意義常常被片面解釋，因為依賴的註釋數據庫缺乏深度和準確性。為了解決這個問題，研究人員開發了免疫細胞知識圖譜（ICKGs），整合超過24,000篇文獻，並利用大型語言模型進行知識綜合。這些圖譜的質量經過獨立數據驗證，並能全面準確地註釋免疫學基因集。研究團隊還創建了一個互動網站，讓用戶能夠進行基於ICKG的基因集註釋。可透過[這個連結](https://kchen-lab.github.io/immune-knowledgegraph.github.io/)訪問。 PubMed DOI

原始文章

站上相關主題文章列表