Large language models in bioinformatics: applications and perspectives.
生物信息學中的大型語言模型：應用與展望。 ArXiv 2024-02-01

大型語言模型（LLMs）是強大的人工智慧模型，應用在自然語言處理等任務上表現優異。透過深度學習技術，利用龐大數據訓練神經網絡的參數。LLMs在生物資訊領域展現潛力，可能超越語言建模能力。本文討論了知名的LLMs如BERT和GPT在生物資訊中的應用，包括基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、藥物發現和單細胞分析，並強調了LLMs在應對生物資訊挑戰上的潛力。 PubMed DOI

Large language models reshaping molecular biology and drug development.
大型語言模型重塑分子生物學和藥物開發。 Chem Biol Drug Des 2024-06-19

大型語言模型（LLMs）在醫學和臨床資訊學中扮演重要角色，能幫助突破和個人化治療。透過分析複雜的生物數據，揭示基因組學、蛋白質結構和健康記錄中的隱藏模式，對基因組分析、藥物開發和精準醫學有所助益。然而，必須面對數據偏見、隱私和道德等挑戰，才能負責任地應用。克服這些障礙將帶來分子生物學和製藥研究的重大進展，造福個人和社區。 PubMed DOI

Automation and machine learning augmented by large language models in a catalysis study.
催化研究中自動化與機器學習輔助的大型語言模型。 Chem Sci 2024-08-09

最近，人工智慧和自動化的進展正在徹底改變催化劑的發現與設計，從傳統的試錯方法轉向更高效的高通量數位方法。這一變化主要受到高通量信息提取、自動化實驗、實時反饋和可解釋機器學習的驅動，促成了自駕實驗室的誕生，加速了材料研究的進程。近兩年，大型語言模型的興起也為這個領域帶來了更大的靈活性，改變了催化劑設計的方式，標誌著學科的革命性轉變。 PubMed DOI

Large language model to multimodal large language model: A journey to shape the biological macromolecules to biological sciences and medicine.
從大型語言模型到多模態大型語言模型：塑造生物大分子以應用於生物科學和醫學的旅程。 Mol Ther Nucleic Acids 2024-10-08

這篇綜述文章全面介紹了大型語言模型（LLMs）和多模態語言模型（MLLMs），涵蓋它們的原理、應用及演變，適合各領域的研究人員、學生和學者閱讀。文章首先解釋了LLMs的技術概念，包括其運作原理和標記化過程，並探討了在生物大分子、醫學科學等領域的應用。接著，討論了LLMs的多模態應用，展示如何整合不同數據類型。最後，文章提到LLMs的挑戰及未來發展，為臨床醫生和科學家提供了重要資源，增進對這些模型的理解。 PubMed DOI

Large language models and their applications in bioinformatics.
大型語言模型及其在生物資訊學中的應用。 Comput Struct Biotechnol J 2024-10-22

最近，自然語言處理（NLP）領域因大型語言模型（LLMs）的出現而有了重大進展。這些模型基於深度學習架構，如變壓器（transformers），擁有數十億的參數和龐大的訓練數據，能在各種任務中達到高準確度。LLMs不僅在傳統NLP應用上表現出色，還在生物信息學中解決了複雜數據集的挑戰，協助基因組學和藥物發現等領域的研究，為生命科學的新發現鋪路。 PubMed DOI

Large language models facilitating modern molecular biology and novel drug development.
大型語言模型促進現代分子生物學與新藥開發。 Front Pharmacol 2025-01-08

最近，人工智慧（AI）和深度學習（DL）在醫療保健領域的進展非常顯著，尤其是大型語言模型（LLMs）的應用。這些模型改善了研究人員與AI系統的溝通，特別是在藥物開發上。回顧中強調了LLM在製藥領域的創新，並探討了其技術和倫理挑戰。預期未來LLM將在創新藥物的開發中扮演更重要的角色，助力突破性製藥的進展。 PubMed DOI

A review of large language models and autonomous agents in chemistry.
化學領域大型語言模型與自主代理的綜述。 Chem Sci 2025-01-20

大型語言模型（LLMs）在化學領域越來越重要，能協助分子設計、性質預測和合成優化。這篇綜述探討了LLMs的能力及其自動化對科學發現的影響，還提到基於LLM的自主代理，能執行文獻擷取和與自動化實驗室互動等任務。文章也涵蓋了這些代理在其他科學領域的應用，並檢視其最新發展與挑戰，如數據質量和模型可解釋性。未來建議發展更先進的多模態代理，並改善與實驗方法的合作。欲了解更多，可參 PubMed DOI

Learning the language of life with AI.
用 AI 學習生命的語言。 Science 2025-01-30

在2021年，AlphaFold 2 在蛋白質摺疊問題上取得重大突破，能準確預測超過兩億種蛋白質的三維結構，為大型語言模型（LLMs）在生命科學的應用鋪路。最近，我們進入一個新階段，這些先進的基礎模型在龐大數據集上預訓練，能處理蛋白質、RNA、DNA等生物分子的結構與相互作用。與傳統模型不同，新的生命大型語言模型（LLLMs）整合了多種分子生物學的知識，例如Evo模型，能預測基因變異對分子結構的影響，甚至生成新的DNA序列。 PubMed DOI

Ai-enabled language models (LMs) to large language models (LLMs) and multimodal large language models (MLLMs) in drug discovery and development.
在藥物發現與開發中，AI 驅動的語言模型（LMs）、大型語言模型（LLMs）及多模態大型語言模型（MLLMs）。 J Adv Res 2025-02-14

這篇文章探討了人工智慧驅動的大型語言模型（LLMs）在藥物發現與開發中的影響，特別是它們如何解決傳統方法的時間與成本問題。文章介紹了LLMs在藥物發現各階段的應用，包括藥物設計、靶點識別、驗證及相互作用分析等。此外，還提到針對藥物發現的專屬LLMs的發展及其挑戰，並展望未來人工智慧在藥物開發中的整合潛力。 PubMed DOI

[Databases, knowledge bases, and large models for biomanufacturing].
生物製造的資料庫、知識庫和大型模型 Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao 2025-04-02

生物製造是一種創新技術，結合生物學、化學和工程，利用可再生資源和生物體透過發酵生產商品。相較於傳統石油化學過程，這種方法能顯著減少二氧化碳排放、降低能源消耗及成本。隨著系統生物學、合成生物學和生物資訊學的進步，加上人工智慧和高效能計算的應用，生物製造正朝向數據驅動的方向發展。本文回顧相關數據庫和大型語言模型的最新進展，探討未來挑戰及技術創新，期望能激發更多科學研究。 PubMed DOI

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