原始文章

這項研究探討稀疏自編碼器(SAEs)在生物醫學,特別是針對不良藥物反應(ADRs)的應用。研究人員將Gemma2-9b-it模型中的藥物名稱隱藏狀態嵌入轉換為可解釋的特徵,並訓練線性分類器預測ADRs的可能性。結果顯示,對急性腎損傷和腸胃道出血等情況的預測表現良好,AUC-ROC分數高。SAE輸出的線性分類器表現與原始嵌入的神經網絡相當,顯示SAEs能有效保留重要資訊並簡化模型,增強解釋性,適用於藥物監測等生物醫學應用。 PubMed DOI


站上相關主題文章列表

與藥物相關的不良事件(AEs)是重要的公共衛生議題,而FDA的藥物標籤文件對於藥物安全性研究至關重要。手動提取不良事件數據既耗時又需專業知識,難以跟上更新。為了解決這個問題,開發了名為AskFDALabel的自動化流程,利用大型語言模型(LLM)和檢索增強生成(RAG)技術。該系統在三個基準實驗中表現優異,DILI的F1分數達0.978,DICT為0.931,顯示出顯著提高不良事件註釋的效率與準確性,對藥物安全研究具有重要潛力。 PubMed DOI

基於變壓器的語言模型在自然語言處理上有顯著進展,但在臨床環境中識別藥物不良事件的有效性受到非標準語言的挑戰。研究中,九個預訓練的模型在5,088對藥物-AE數據上微調,並在新加坡的去識別化出院摘要及MIMIC-III數據庫進行驗證。結果顯示,BioM-ELECTRA-Large-BiLSTM模型的F1分數比傳統機器學習提高了16.1%。透過應用規則精煉預測,假陽性減少,精確度提升。整體而言,這些模型在識別因果相關藥物-AE對方面表現優於傳統方法,但仍需額外規則以克服限制。 PubMed DOI

這項研究探討了從電子病歷中檢測肺栓塞不良事件的挑戰,並開發了一個利用大型語言模型的框架。研究回顧了2017至2022年間的病歷,發現40例肺栓塞不良事件,流行率為0.4%。框架包含證據提取、出院資訊提取和PEAE檢測三個模組,評估了四個開源模型,結果顯示高敏感性和特異性。研究強調關鍵字過濾和出院摘要的納入能改善性能,並建議未來應加強上下文理解和醫學術語解釋,以提升檢測能力。 PubMed DOI

機器學習(ML)和人工智慧(AI)在醫療領域的應用潛力巨大,但仍面臨解釋性和可靠性等挑戰。本文提出一種新方法,利用大型語言模型(LLMs)進行特徵工程,從《牛津醫學教科書》中提取臨床特徵,提升可解釋性。這種方法將臨床筆記轉換為概念向量,並使用線性分類器,準確率達到0.72,超越傳統基準。使用文本嵌入技術也顯著降低了時間和成本,減少了97%。相關代碼和補充材料可在指定網址獲得。 PubMed DOI

這篇論文用大型語言模型產生了1.7萬則帶有不良藥物事件標註的合成推文,解決社群媒體上缺乏標註資料的問題。用這些資料預訓練的NER模型,在真實推文上表現更好,經人工標註資料微調後更創新高,證明合成資料能大幅提升ADE偵測效果,且資料集已公開。 PubMed DOI

在電子病歷中找出藥物不良事件(ADEs)很困難,因為相關資訊多藏在醫師的自由書寫紀錄裡。人工審查又很耗時,所以需要自動化工具。這項研究用大型語言模型來偵測ADEs,發現不到15%的出院紀錄會明確記載ADEs與藥物的關聯,顯示通報機制還有很大改進空間。 PubMed DOI

這項研究發現,ChatGPT 和 Claude 在協助藥物安全專家偵測藥物交互作用(DDIs)方面表現相近,且都優於 Gemini,尤其在簡單案例中。不過,三款大型語言模型的特異性都不高,容易誤判沒有交互作用的情況。總結來說,LLMs 可作為輔助工具,但專業藥師仍不可或缺,特別是在排除不存在的 DDIs 時。 PubMed DOI

這項研究發現,Llama-3 這類大型語言模型能比傳統方法更有效率地從疫苗仿單中擷取和分析不良事件。透過文字嵌入和分群,能更細緻掌握不良事件特徵,並用邏輯迴歸準確預測疫苗類型,準確率超過八成。顯示 LLMs 在疫苗安全分析和公共衛生研究上很有潛力。 PubMed DOI

大型語言模型(LLMs)正大幅改變阿茲海默症藥物開發流程,能快速分析大量生醫資料、找出新藥標靶並設計新化合物。雖然還有資料品質和模型解釋性的挑戰,LLMs 已有效加速研究進展,為治療帶來新希望,也推動 AI 與生醫領域的合作。 PubMed DOI

DrugReX 是一套結合知識圖譜、機器學習和大型語言模型的新系統,能更有效率地找出藥物再利用的潛力。實際應用在阿茲海默症時,不只找出新藥物候選,還能提供有文獻佐證的解釋,專家也認為這比單靠 LLMs 更可靠,有助提升藥物再利用的透明度和可信度。 PubMed DOI