原始文章

這篇論文回顧了深度學習的最新進展,特別是大型語言模型(LLMs)在微生物組和宏基因組研究中的影響。它指出微生物的蛋白質和基因組序列可視為「生命的語言」,讓研究人員能透過LLMs從複雜的生態系中獲得見解。文章探討了深度學習和語言模型的應用,包括問題定義、數據集需求及語言建模技術的整合,主要涵蓋蛋白質/基因組語言建模、病毒組學語言建模、生物合成基因簇預測及宏基因組研究的知識整合。 PubMed DOI


站上相關主題文章列表

大型語言模型(LLMs)在醫學和臨床資訊學中扮演重要角色,能幫助突破和個人化治療。透過分析複雜的生物數據,揭示基因組學、蛋白質結構和健康記錄中的隱藏模式,對基因組分析、藥物開發和精準醫學有所助益。然而,必須面對數據偏見、隱私和道德等挑戰,才能負責任地應用。克服這些障礙將帶來分子生物學和製藥研究的重大進展,造福個人和社區。 PubMed DOI

大型語言模型(LLMs)正在改變生物醫學科學,特別是在理解生物序列方面。基因組語言模型(gLMs)專注於DNA序列,能幫助預測基因組中重要的功能區域、設計新DNA序列,並促進轉移學習。儘管如此,開發有效的gLMs仍面臨挑戰,如數據質量、模型架構及評估指標等。解決這些問題對於gLMs在複雜生物系統中的應用至關重要。 PubMed DOI

最近,人工智慧(AI)和深度學習(DL)在醫療保健領域的進展非常顯著,尤其是大型語言模型(LLMs)的應用。這些模型改善了研究人員與AI系統的溝通,特別是在藥物開發上。回顧中強調了LLM在製藥領域的創新,並探討了其技術和倫理挑戰。預期未來LLM將在創新藥物的開發中扮演更重要的角色,助力突破性製藥的進展。 PubMed DOI

在2021年,AlphaFold 2 在蛋白質摺疊問題上取得重大突破,能準確預測超過兩億種蛋白質的三維結構,為大型語言模型(LLMs)在生命科學的應用鋪路。最近,我們進入一個新階段,這些先進的基礎模型在龐大數據集上預訓練,能處理蛋白質、RNA、DNA等生物分子的結構與相互作用。與傳統模型不同,新的生命大型語言模型(LLLMs)整合了多種分子生物學的知識,例如Evo模型,能預測基因變異對分子結構的影響,甚至生成新的DNA序列。 PubMed DOI

大型語言模型(LLMs)在生物學和化學等複雜領域中影響深遠,特別是在分子設計和優化方面。本篇綜述專注於LLMs在抗生素發現與設計中的應用,特別是肽類分子。我們將探討LLMs在藥物設計的最新進展,以及在抗生素開發中應用這些模型所面臨的挑戰。 PubMed DOI

這篇綜述提供了大型語言模型(LLMs)在生物醫學數據分析中的應用概況,針對生物醫學研究人員的知識空白進行探討。文章首先介紹LLMs的基本技術,然後分析與數據相關的生物醫學數據集和框架。深入探討LLMs在基因組學、蛋白質組學、轉錄組學等領域的具體應用,並強調整合LLMs進入生物醫學研究時的挑戰。最終,這篇綜述為研究人員提供了資源,幫助他們在生物醫學領域中應用LLM技術。 PubMed DOI

這篇評論強調大型語言模型(LLMs)在合成生物學(SynBio)教育與研究中的重要性,特別是在生物製造領域。文章比較了美國和中國的LLMs在解決SynBio問題上的表現,並探討了它們如何從非結構化數據中提取資訊、建立知識圖譜,及促進檢索增強生成。預期LLMs將提升代謝建模和工程中的設計-建造-測試-學習(DBTL)循環,並推動自動化實驗室的發展。最後,呼籲建立LLMs的基準、發展生物安全措施,並促進相關領域專家的合作。 PubMed DOI

大型語言模型(LLMs)對醫療領域的自然語言處理(NLP)影響深遠,近期的研究顯示,專為醫療文本設計的LLMs逐漸受到重視。這篇回顧分析了基於LLMs的生物醫學NLP,資料來源涵蓋多個學術平台,重點在醫學文獻、電子健康紀錄(EHRs)及社交媒體。雖然通用LLMs如GPT-4被廣泛使用,但針對特定應用的自訂LLMs趨勢上升。傳統模型在某些任務上仍優於新型LLMs,但後者在少量學習和生成任務中表現佳。未來研究需關注評估、偏見及公平性等議題。 PubMed DOI

大型語言模型正改變基因體醫療,能快速分析文獻和基因資料,提升診斷與治療建議的精準度。雖然還有挑戰待克服,但隨著技術進步和跨領域合作,未來 AI 將成為臨床基因體分析的主流工具,推動個人化醫療發展。 PubMed DOI

蛋白質-蛋白質交互作用(PPIs)對生物研究和新藥開發很關鍵。現在大型語言模型(LLMs)已能從蛋白質序列分析PPIs,處理大規模資料也沒問題。不過,還有像運算量大、資料不平衡和多種資料整合等挑戰。未來會持續優化,讓LLMs在生物領域發揮更大作用。 PubMed DOI