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這項研究旨在改善從基因測序中提取病原微生物的知識,特別是透過宏基因組下一代測序(mNGS)。傳統方法耗時且容易受主觀影響,因此研究人員開發了一種自動化的問答(QA)模型。 關鍵步驟包括創建名為MicrobeDB的新數據集,涵蓋618篇論文的3,161個樣本和224種病原微生物。透過微調模型和數據增強,最終在測試集上達到88.39%的精確匹配和93.18%的F1分數,顯示出高準確性。這項研究為臨床解釋mNGS結果提供了有價值的自動化方法。 PubMed DOI


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研究比較了ChatGPT與人類回答基因問題的表現,發現ChatGPT準確率為68.2%,人類為66.6%,兩者在記憶問題上表現較好。然而,ChatGPT有時會對同一問題給出不同答案。儘管ChatGPT表現令人印象深刻,但在高風險場景如臨床應用中有限制,解決這些將對實際應用至關重要。 PubMed DOI

研究指出,ChatGPT 4.0協助病理學家和實驗室主任回答問題時,準確性高、完整性佳,還能節省時間。專家評分結果顯示,大部分回答不需額外工作。這個工具被視為安全且省時,特別適合回答醫療提供者的問題。在各病理學領域中表現一致,ChatGPT 4.0可能成為病理學家重要的資源。 PubMed DOI

生物醫學資料庫增加快速,分析資料對生物學和醫學至關重要。現有工具常難以完整處理條目或像人類一樣修正錯誤。大型語言模型(LLMs)如ChatGPT提供了新的查詢資料庫方式,但在擴展規模時會有挑戰。ChIP-GPT是基於GPT模型Llama微調的,能高精確度從序列讀取存檔中提取元數據。它能處理打字錯誤和缺失標籤,適應各種資料庫和問題。 PubMed DOI

研究使用GPT-4等大型語言模型回答病人的實驗室檢驗問題,結果顯示GPT-4回答通常更準確、相關、有幫助且安全。但在醫學背景下解釋不足及偶爾不準確。提升回答方法包括提示工程、擴充、檢索增強生成和評估。 PubMed DOI

病患常覺得實驗室檢驗報告難懂,常上網求助。研究發現,使用GPT-4等大型語言模型回答問題更準確、有幫助、相關且安全。但仍需改進處理不準確和缺乏個人化的問題。改進策略包括即時調整、擴充、檢索和評估回應品質。 PubMed DOI

這篇論文探討基因數據在疾病診斷與治療中的重要性,特別是癌症研究,並指出將這些數據整合進臨床護理的挑戰,如電子健康紀錄的結構、保險成本及基因結果的可解釋性。研究也提到人工智慧(AI)和大型語言模型(LLMs)在解決這些問題上的潛力。儘管AI在醫學研究中的成功有限,但基於大量數據訓練的LLMs在基因分析上顯示出希望。研究評估了GPT模型在基因表達數據的預測能力,並與傳統機器學習方法進行比較,以探討其在預測癌症亞型的潛力。 PubMed DOI

藥物基因組學在精準醫療中扮演重要角色,但因醫師和病人對此認識不足,實施進展緩慢。大型語言模型(如GPT-4)有潛力提供即時醫療資訊,但也可能產生不準確的內容,對臨床造成風險。我們進行了測試,評估聊天機器人在藥物基因組學上的表現,結果顯示雖然新模型表現較好,但仍未達臨床應用標準。我們的基準將成為未來進步的重要資源。 PubMed DOI

這項研究評估了三個大型語言模型(LLMs)—ChatGPT-3.5、ChatGPT-4.0 和 Google Gemini 在回答乙型肝炎病毒(HBV)相關問題的表現。醫療專業人員對其準確性進行評分,並評估可讀性。 主要發現包括: - 所有 LLM 在主觀問題上得分高,ChatGPT-4.0 準確性最高。 - 在客觀問題上,ChatGPT-4.0 準確率為 80.8%,優於其他兩者。 - ChatGPT-4.0 在診斷上表現佳,Google Gemini 在臨床表現強勁。 - 所有 LLM 的可讀性分數高於標準八級,對一般讀者來說可能過於複雜。 結果顯示,LLMs,特別是 ChatGPT-4.0,可能成為有關 HBV 的資訊工具,但不應取代醫生的個人化建議。 PubMed DOI

這段文字探討大型語言模型(LLMs)如ChatGPT在生物資訊學,特別是基因組學中的限制,提到資料檢索不佳、幻覺及序列操作錯誤等問題。為了解決這些挑戰,作者提出NagGPT作為LLMs與資料庫的橋樑,幫助精煉查詢並提高資訊準確性。此外,還介紹了Genomics Fetcher-Analyzer,這個自訂GPT能讓ChatGPT生成並執行Python程式碼,進行生物資訊學任務,並使用各種基因組資料庫的資料。整體目的是增強ChatGPT在生物資訊學的功能,提升事實準確性和遵循指示的能力。 PubMed DOI

你的專案專注於提升大型語言模型(LLMs)在基因組學的表現,特別是透過整合變異註解數據。你成功將1.9億條準確的變異註解整合進GPT-4o,讓使用者能查詢特定基因變異並獲得詳細解釋。雖然微調有助於提升表現,但檢索增強生成(RAG)在數據量和成本效益上更具優勢。這項研究不僅提高了變異解釋的可及性,也為未來基因組學的AI系統發展樹立了榜樣,展現了LLMs的潛力。公開數據集可依需求分享。 PubMed DOI