CRISPR-Cas 系統的引入大幅推進了基因編輯技術。傳統上，發現 Cas 蛋白常依賴序列相似性，可能會忽略遠端同源物。隨著大型語言模型的發展，現在可以在不需大量訓練數據的情況下對 Cas 系統進行建模。我們提出的 CHOOSER 框架，能無需對齊地發現 CRISPR-Cas 系統，特別是具自我處理 pre-crRNA 能力的系統。透過 CHOOSER，我們識別出 11 個新 Casλ 同源物，顯示其在基因編輯領域的潛力。 PubMed DOI

ProtChat是一個創新的AI多代理系統，專門用於蛋白質分析，結合了蛋白質大型語言模型和像GPT-4這樣的技術。它能自動化複雜任務，如預測蛋白質特性和分析蛋白質-藥物相互作用，大幅減少人力需求。即使沒有計算背景的研究人員也能輕鬆使用，提升分析效率。實驗結果顯示，ProtChat能快速且準確地處理蛋白質相關任務，為計算生物學和藥物發現開創新機會。其程式碼和數據已在GitHub上公開，鼓勵更多人探索應用。 PubMed DOI

這段文字探討大型語言模型（LLMs）如ChatGPT在生物資訊學，特別是基因組學中的限制，提到資料檢索不佳、幻覺及序列操作錯誤等問題。為了解決這些挑戰，作者提出NagGPT作為LLMs與資料庫的橋樑，幫助精煉查詢並提高資訊準確性。此外，還介紹了Genomics Fetcher-Analyzer，這個自訂GPT能讓ChatGPT生成並執行Python程式碼，進行生物資訊學任務，並使用各種基因組資料庫的資料。整體目的是增強ChatGPT在生物資訊學的功能，提升事實準確性和遵循指示的能力。 PubMed DOI

這篇論文探討大型語言模型（LLMs），特別是GPT-3.5和GPT-4，在數據提取和呈現的有效性，並與人類策展人比較。研究聚焦於小麥和大麥的遺傳特徵，使用36篇期刊文章的資料供GrainGenes數據庫使用。主要發現包括：GPT-4在分類手稿準確率達97%，有效提取80%特徵，並顯示人類與AI合作的潛力。儘管LLMs有其限制，但在生物數據提取上仍能提供顯著幫助，使用者需謹慎對待不準確性。 PubMed DOI

基因編輯（GE）是生命科學中的重要工具，但因物種、基因序列及工具不同，編輯某些基因會遇到挑戰。為了提升基因編輯研究的設計，確認文獻中基因編輯的實踐至關重要。基因編輯元數據庫（GEM）提供了有用的資訊，但對特定基因的參與細節仍不足。 本研究開發了一種系統性方法，利用大型語言模型從GEM及相關文獻中提取關鍵資訊，讓基因編輯數據的調查更全面。我們還提出將這些資訊轉換為指標，以優先考慮未來的研究基因。最終的基因編輯資訊和評分系統旨在簡化目標基因的選擇，改善研究設計。欲了解更多，請訪問以下網址：https://github.com/szktkyk/extract_geinfo 和 https://github.com/szktkyk/visualize_geinfo。 PubMed DOI

這項研究探討生成大型語言模型（LLMs），特別是GPT，在癌細胞系藥物敏感性預測（DSP）中的應用。研究調整了提示工程技術，提升GPT在藥物基因組學數據上的表現，並與現有基準比較。 主要發現包括： 1. 開發三種提示模板，提升GPT處理結構化數據的能力。 2. 微調方法顯著提高F1分數，表現最佳。 3. GPT在GDSC數據集上F1分數提高16%，展現強大泛化能力。 4. 提供藥物與通路關聯的見解，與先前發現一致。 總體而言，研究顯示GPT可作為精準腫瘤學的有效工具，改善癌症治療策略。研究代碼和數據集已公開於GitHub。 PubMed DOI

這項研究發現，GPT-4在整理小麥和大麥相關科學論文的遺傳資料時，準確率高達97%，擷取性狀和標記-性狀關聯的表現也比GPT-3.5好，錯誤率更低。GPT-4有時甚至能達到人類專家的96%水準。雖然還有改進空間，但未來在協助整理科學資料上很有潛力。 PubMed DOI

這項研究用大型語言模型，從GEM資料庫和文獻中自動萃取基因編輯細節，突破了原本資料庫的限制。這讓研究人員能更快找到重要基因、規劃實驗，提升基因編輯研究效率。相關工具和資料已在GitHub公開，方便大家使用。 PubMed DOI

這項研究用大型語言模型，從GEM資料庫和文獻中自動萃取、量化基因編輯資訊，突破現有資料庫限制，更清楚呈現基因在編輯中的角色，提升基因排序效率，幫助設計更好的基因編輯實驗。相關工具和資料已在GitHub公開。 PubMed DOI

這項研究用 GPT-3.5 和 GPT-4 來分析科學文獻，找出基因和藥物對傷口癒合的影響。結果發現，GPT-4 在辨識和萃取這些關係上比 GPT-3.5 更準確，顯示 GPT-4 不用再訓練就能有效協助生醫研究。 PubMed