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這篇論文總結了2023年11月28日至30日在日本奈良舉行的第八屆化學資訊秋季學校,討論了多個主題,包括化學反應研究、藥物設計、化學語言模型、電子結構資訊學和材料建模。此外,還回顧了約翰·加斯泰格在化學資訊領域50年的貢獻,並強調了影響他科學職業生涯的關鍵決策。 PubMed DOI


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在2000年代初期,製藥業開始使用計算方法來預測藥物的吸收、分佈、代謝、排泄和毒性(ADME/Tox),以降低後期失敗的風險。在過去的兩個十年中,已取得顯著進展,發展出這些能力,導致轉向生成式全新設計和同時優化多種特性。挑戰仍然存在,例如適應非常大的分子和整合新數據和演算法。 PubMed DOI

研究指出,透過提示工程引導 ChatGPT 從科學文獻中找出金屬有機骨架(MOF)的合成條件,解決虛假資訊問題。系統成功提取合成參數,精確度高,並使用機器學習模型預測 MOF 實驗結果準確率超過 87%。這方法簡化了化學數據提取整理,不需專業知識,潛力廣泛。 PubMed DOI

生成式機器學習在使用SMILES語言設計藥物分子上取得成功。研究指出大型語言模型在藥物設計有潛力,透過預訓練的方式成功轉移到藥物領域,效果優於先前研究。這種模型能生成對特定靶點有效的分子,展現了在藥物發現上的潛力。這為未來更大型的研究提供可能性,有助於開發非專利的藥物替代品。 PubMed DOI

最近,人工智慧和自動化的進展正在徹底改變催化劑的發現與設計,從傳統的試錯方法轉向更高效的高通量數位方法。這一變化主要受到高通量信息提取、自動化實驗、實時反饋和可解釋機器學習的驅動,促成了自駕實驗室的誕生,加速了材料研究的進程。近兩年,大型語言模型的興起也為這個領域帶來了更大的靈活性,改變了催化劑設計的方式,標誌著學科的革命性轉變。 PubMed DOI

大型語言模型(LLM)技術為合成化學帶來了新機會。我們開發了一個基於LLM的反應開發框架(LLM-RDF),利用GPT-4簡化化學合成任務。這個框架包含六個專門的代理,能執行文獻搜尋、實驗設計、硬體執行等功能。我們還創建了一個網頁應用程式,讓化學家能用自然語言與自動化實驗平台互動,無需編碼技能。LLM-RDF在銅/TEMPO催化的醇類氧化反應中展現了其完整的合成開發能力,並在多種反應中證明了其廣泛適用性。 PubMed DOI

這篇文章介紹了CACTUS,一個基於大型語言模型(LLM)的代理,旨在提升化學領域的推理與問題解決能力。研究評估了CACTUS在多項化學問題基準測試中的表現,使用了多個開源LLM,如Gemma-7b、Falcon-7b等。結果顯示,CACTUS的表現明顯優於基準模型,特別是Gemma-7b、Mistral-7b和Llama3-8b的準確率最高。研究強調了領域特定提示和硬體配置的重要性,並建議較小的模型可在消費級硬體上有效運行,且不影響準確性。CACTUS結合LLM與RDKit的化學工具,協助研究人員進行分子性質預測等任務。 PubMed DOI

大型語言模型(LLMs)顯著改變了自然語言處理(NLP)領域,尤其是在有機化學等專業領域。AIChemEco Inc. 開發的SynAsk是一個針對有機化學任務的LLM平台,能預測合成過程。它透過專門數據微調,並採用思考鏈方法,將知識庫與化學工具整合在問答格式中。功能包括化學知識庫、分子信息檢索、反應性能預測等,成為有機化學研究的重要工具。可至 https://synask.aichemeco.com 訪問。 PubMed DOI