Large language models reshaping molecular biology and drug development.
大型語言模型重塑分子生物學和藥物開發。 Chem Biol Drug Des 2024-06-19

大型語言模型（LLMs）在醫學和臨床資訊學中扮演重要角色，能幫助突破和個人化治療。透過分析複雜的生物數據，揭示基因組學、蛋白質結構和健康記錄中的隱藏模式，對基因組分析、藥物開發和精準醫學有所助益。然而，必須面對數據偏見、隱私和道德等挑戰，才能負責任地應用。克服這些障礙將帶來分子生物學和製藥研究的重大進展，造福個人和社區。 PubMed DOI

DrugAssist: a large language model for molecule optimization.
DrugAssist：一個用於分子優化的大型語言模型。 Brief Bioinform 2025-01-03

最近大型語言模型（LLMs）在藥物發現中的應用引起關注，特別是在分子優化方面。大多數現有方法未能納入專家反饋，缺乏迭代和經驗性特徵。為了解決這個問題，我們推出了DrugAssist，一個透過人機對話增強分子優化的互動模型。DrugAssist在優化多個性質上表現優異，顯示出其可轉移性和改進潛力。此外，我們還發布了'MolOpt-Instructions'數據集，以促進語言模型的微調。相關代碼和數據集可在 https://github.com/blazerye/DrugAssist 獲得，支持未來的研究。 PubMed DOI

Large language models facilitating modern molecular biology and novel drug development.
大型語言模型促進現代分子生物學與新藥開發。 Front Pharmacol 2025-01-08

最近，人工智慧（AI）和深度學習（DL）在醫療保健領域的進展非常顯著，尤其是大型語言模型（LLMs）的應用。這些模型改善了研究人員與AI系統的溝通，特別是在藥物開發上。回顧中強調了LLM在製藥領域的創新，並探討了其技術和倫理挑戰。預期未來LLM將在創新藥物的開發中扮演更重要的角色，助力突破性製藥的進展。 PubMed DOI

Artificial intelligence-driven prediction and validation of blood-brain barrier permeability and absorption, distribution, metabolism, excretion profiles in natural product research laboratory compounds.
人工智慧驅動的血腦屏障通透性及吸收、分佈、代謝、排泄特徵的預測與驗證：以天然產品研究實驗室化合物為例。 Biomedicine (Taipei) 2025-01-08

這項研究探討了結合MegaMolBART編碼器與XGBoost分類器的模型，成功預測化合物的血腦屏障（BBB）通透性。研究使用4956種BBB+和2851種BBB-的數據集，並分析了2461種BBB+和2184種BBB-化合物。發現temozolomide及21種化合物的通透性係數超過10 × 10<sup>-7</sup> cm/s，顯示其顯著通透性。此外，研究還評估了化合物的ADME特性及其對腦內皮細胞的細胞毒性影響，強調AI在藥物發現中的潛力。 PubMed DOI

Ai-enabled language models (LMs) to large language models (LLMs) and multimodal large language models (MLLMs) in drug discovery and development.
在藥物發現與開發中，AI 驅動的語言模型（LMs）、大型語言模型（LLMs）及多模態大型語言模型（MLLMs）。 J Adv Res 2025-02-14

這篇文章探討了人工智慧驅動的大型語言模型（LLMs）在藥物發現與開發中的影響，特別是它們如何解決傳統方法的時間與成本問題。文章介紹了LLMs在藥物發現各階段的應用，包括藥物設計、靶點識別、驗證及相互作用分析等。此外，還提到針對藥物發現的專屬LLMs的發展及其挑戰，並展望未來人工智慧在藥物開發中的整合潛力。 PubMed DOI

An Evaluation Benchmark for Adverse Drug Event Prediction from Clinical Trial Results.
從臨床試驗結果預測不良藥物事件的評估基準。 Sci Data 2025-03-12

不良藥物事件（ADEs）在臨床試驗中是一大安全挑戰，因此預測這些事件對於開發更安全的藥物至關重要。我們推出了CT-ADE數據集，專注於單一藥物治療中的多標籤ADE預測，包含2,497種藥物和168,984對藥物-ADE配對，數據來自臨床試驗結果，並使用MedDRA標註。CT-ADE整合了治療和目標人群數據，便於比較分析。使用大型語言模型進行分析，最佳模型達到56%的F1分數，顯示上下文信息對預測ADE的重要性，使CT-ADE成為藥物安全風險評估的寶貴資源。 PubMed DOI

Application of Large Language Models in Drug-Induced Osteotoxicity Prediction.
大型語言模型在藥物誘導骨毒性預測中的應用。 J Chem Inf Model 2025-03-21

藥物引起的骨毒性是指某些藥物對骨骼的有害影響，這在臨床和藥物開發中都很重要。目前的毒性評估模型缺乏專門的數據和演算法。我們的研究收集了骨毒性分子的數據，並使用DeepSeek和ChatGPT等大型語言模型來預測其特性，準確率分別達到0.87和0.88。研究顯示，機器學習能有效評估藥物對骨骼健康的影響，改善安全協議，減少副作用，提升治療效果，並強調大型語言模型在預測分子毒性方面的潛力。 PubMed DOI

Large Language Models and Their Applications in Drug Discovery and Development: A Primer.
大型語言模型及其在藥物發現與開發中的應用：入門指南。 Clin Transl Sci 2025-04-10

這篇論文全面介紹大型語言模型（LLMs）在臨床藥理學和轉譯醫學中的應用。內容涵蓋LLMs的基本原則及其在藥物發現和開發各階段的潛在用途，包括靶點識別、臨床前研究和臨床試驗分析。還會強調實際應用，如醫學寫作輔助和加速定量臨床藥理學的分析流程。目的是幫助臨床藥理學家和轉譯科學家有效利用LLMs，改善研究和開發過程。 PubMed DOI

DrugGen enhances drug discovery with large language models and reinforcement learning.
DrugGen 結合大型語言模型與強化學習以促進新藥發現 Sci Rep 2025-04-18

傳統藥物設計又慢又容易失敗，深度學習模型像DrugGPT雖然能產生新分子，但常常沒用。DrugGen是改良版，結合真實資料和優化技術，能產生100%有效分子，預測和多樣性都更好。測試證明它有效，還能幫助藥物再利用和新藥設計，大大提升藥物開發效率。 PubMed DOI

Large language models for Alzheimer's disease drug discovery.
用於阿茲海默症新藥開發的大型語言模型 J Alzheimers Dis 2025-06-02

大型語言模型（LLMs）正大幅改變阿茲海默症藥物開發流程，能快速分析大量生醫資料、找出新藥標靶並設計新化合物。雖然還有資料品質和模型解釋性的挑戰，LLMs 已有效加速研究進展，為治療帶來新希望，也推動 AI 與生醫領域的合作。 PubMed DOI

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