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FatPlants是一個開放存取的網路資料庫,專注於植物脂質相關的基因、蛋白質和代謝途徑。它提供友好的介面,支援植物脂質代謝研究及作物油脂含量的育種。資料庫整合了來自研究、公共資源和學術文獻的數據,涵蓋如大豆、阿拉伯芥和油菜等植物。主要功能包括機器學習工具、基因和蛋白質資訊卡、搜尋工具,以及基於ChatGPT的蛋白質查詢系統。可至 https://www.fatplants.net/ 瀏覽。 PubMed DOI


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研究評估了41種民族藥用植物的活性肽對糖尿病相關蛋白質的影響,並建立了PhytoSelectDBT網站,可分類肽的作用靶點並提供替代建議。研究強調民族醫學在尋找抗糖尿病植物和肽方面的潛力,並透過分子對接技術評估其安全性和有效性。研究成果儲存在PhytoSelectDBT數據庫,為2型糖尿病管理提供寶貴資源。 PubMed DOI

CLAW平台利用自定義MRM轉換自動解析複雜脂質數據,並整合統計工具,提升脂質組學研究效率。通過分析阿茲海默症小鼠和油菜籽油樣本,展示了其效用。用戶界面設有AI聊天機器人,旨在使脂質組學工作更順暢。 PubMed DOI

高血壓是全球重要議題,可能因高脂飲食導致內臟脂肪積聚。研究發現內臟脂肪中的Spp1、Postn和Gpnmb基因在高血壓病理中扮演重要角色,影響能量代謝和器官功能。empagliflozin治療可降低這些基因表現。研究指出炎症可能非主要內臟脂肪與高血壓連結機制,了解這些基因可提供新治療策略。 PubMed DOI

像ChatGPT這樣的大型語言模型非常厲害,不僅能處理人類語言,還能應用在分析DNA和蛋白質等生物數據上。它們可以辨識生物數據中的複雜規律,成為預測細胞系統的強力工具。這篇文章討論了各種大型語言模型及其在生物學中的應用,特別強調了它們在植物領域的潛力,但在這個領域中的應用仍不太普遍。 PubMed DOI

植物製造各種對它們功能和人類利用至關重要的化學物質,但這些化合物的演化和分佈方式尚不清楚,限制了我們對植物化學多樣性的了解。研究人員利用植物基因組序列數據,將各種天然產物的分佈映射到植物演化樹上,確認了特定化合物在某些植物族譜中的分佈,並找出含有某些化合物的族譜。透過手動審核和自動文本採礦結合,研究人員建立了可靠的植物化學多樣性地圖,有助於我們更深入了解植物化學物質的演化。 PubMed DOI

植物基因組學有重大進展,透過高通量方法研究多種基因組範圍的分子表現型。這有助於深入了解植物特徵和遺傳機制,尤其是在模式植物物種中。為了提升作物基因組學,準確預測至關重要。AgroNT是一個大型語言模型,經過48種植物物種基因組的訓練,專注於作物物種,能進行最先進的基因組特徵預測。一項針對木薯突變的研究顯示AgroNT評估調控影響的能力。編製的數據集可作為植物基因組學中深度學習方法的參考。預先訓練的AgroNT模型可在HuggingFace上進行進一步研究。 PubMed DOI

深度學習,特別是大型語言模型(LLMs),在植物生物學中展現出很大的潛力,能為植物細胞系統提供新見解。蛋白質語言模型(PLMs)提升了我們分析核酸和蛋白質序列的能力,揭示生物數據中的複雜模式和關係。這不僅有助於識別序列模式和結構-功能關係,還能促進農業基因改良。透過整合深度學習,我們在植物性狀的基礎研究上能取得顯著進展。因此,戰略性地應用這些方法對推進植物科學和可持續農業至關重要。 PubMed DOI